集装箱在海上运输过程中可能会遭遇恶劣天气和海况，导致进水问题。预防和应对集装箱进水问题的方法如下：

1. 定期检查集装箱的密封性能。确保门、窗、通风口等密封件处于完好状态。同时，检查集装箱内部是否有破损、裂缝等问题。

2. 在装载货物之前，确保货物包装完好，防止货物破损或漏水导致集装箱进水。

3. 对于特殊货物（如液体、化学品等），应进行额外的包装和密封，以防止泄漏。

4. 集装箱运输前应根据当地气象预报情况，选择合适的运输时间和线路，避免恶劣天气和海况。

5. 在集装箱运输过程中，定期检查集装箱的密封性能和内部情况。若发现集装箱进水问题，应及时停止使用，并采取措施进行维修和处理。

6. 可以在集装箱内部放置干燥剂、防潮剂等物品，以吸收集装箱内的湿气，避免潮湿导致货物受损。

总之，预防和应对集装箱进水问题需要定期检查、合理包装、注意天气和海况等多种措施的综合运用。